Sonic & Tails están dando una vuelta en el Tornado cuando de repente algo inesperado ocurre: se ven envueltos en una enorme tormenta y son tragados irremediablemente por un tornado. Después del accidente, los 2 héroes se despiertan en una playa y son rescatados por una extraña y bastante extravagante niña llamada Marine. Esto es sólo el comienzo de una aventura marina con piratas, bucaneros y con Blaze como segunda protagonista de los títulos de Sonic para DS una vez más.