El argumento del título se basa en las diferentes historias que tienen que contar las tres nuevas facciones que nos ofrecen para elegir en el juego. Cada una de ellas tendrá sus características y sus objetivos a seguir. Todas ellas tienen argumentos diferentes basados en hechos reales adornados con detalles como el de la época Edo de Japón. Y no se pueden dejar fuera los detalles de Honor, Familia.... que son siempre tan característicos.