Persona 3 es la continuación de una saga iniciada en Playstation, pero como ya sabrán los aficionados a "Persona" en esta saga cada entrega es independiente de las anteriores por lo que no supone ningún problema a los jugadores nóveles el empezar por la tercera parte.
En esta ocasión nos relata la historia sobre la "Dark Hour", el día consta de más de 24 horas, el paso entre un día y otro se llama "Dark Hour" , una hora en la que el mundo se vuelve tenebroso, aparecen sarcófagos y monstruos por las calles y los únicos capaces de detenerlos son aquellos que tienen el poder de "Persona".
Nuestro protagonista como no podía ser menos es el más poderoso y "especial" de todos ellos ya que mientras todos son capaces de manejar a una única persona el protagonista es capaz de utilizar un número indeterminado de personas incluso cambiar entre ellas.