La historia prácticamente se desarrolla siguiendo la línea argumental de la película y podremos ir alternando entre el control de Wall-E y Eve dependiendo de la fase en la que nos encontremos. De esta forma cuando controlemos a Wall-E haremos frente a una serie de misiones en las que se entremezclan el juego plataformero con la resolución de puzles y un poquito de acción, en contraposición a las misiones desarrolladas por Eve, donde la acción tendrá un mayor papel. Si bien Wall-E podrá saltar y crear cubos de basura para luego lanzarlos contra plataformas o enemigos, el control de Eve será totalmente distinto, ya que disparará rayos laser mientras nos desplazamos volando por los escenarios. Las cualidades de cada personaje convergerán en una serie de misiones donde deberemos hacer uso de los dos personajes a la vez para poder llegar a buen puerto.

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