Al igual que en la película el juego comienza cuando nuestros personajes, Alex (el león), Marty (la cebra), Gloria (el hipopótamo), Melman (la jirafa), el rey Julien (el lémur) y los tres pingüinos, preparan su retorno a Nueva York usando para ello un viejo y destartalado avión. Tras un accidente, la verdadera aventura dará comienzo cuando se den cuenta que el lugar donde han aterrizado (forzosamente) no es otro que el lugar de origen de nuestros personajes principales, África.