Un amnésico Solid Snake es reclutado para infiltrarse en SaintLogic Inc. con la misión de robar unos documentos secretos pero el verdadero objetivo será detener a un científico loco que ha creado un Metal Gear y que además tiene acceso a una gran cantidad de misiles nucleares. Amenaza con eliminar del mapa a los Estados Unidos a menos que se cumplan sus peticiones, concediendo un plazo de 3 horas antes de lanzar las cabezas nucleares.