En Metroid Prime 3, Samus Aran se enfrenta a su peor enemigo, ella misma. Por distintas circunstancias, el cuerpo de nuestra heroína se verá infectado por un virus que hace que su cuerpo pueda canalizar energía. Pero todo este poder tiene un precio, y la portagonista de la saga Metroid no está segura de renunciar a él.