Doom 3 nos sitúa en el año 2145 y nos pone en la piel de un marine que acude junto a sus superiores a inspeccionar las actividades de la UAC (Union Aerospace Corporation) en sus instalaciones del planeta Marte. La UAC centra su investigación en el estudio del desplazamiento espacio-temporal mediante la utilización de dimensiones paralelas. Los experimentos con dimensiones paralelas han abierto un portal al mismísimo infierno y nosotros seremos los encargados de mandar a todo bicho ¿viviente¿ a ese mismo lugar a lo largo de 40 niveles.