Potter empieza el curso con mal pie: por un lado, todos le acusan de hacer magia ante un muggle y de inventarse la vuelta de Voldemort; por el otro, la nueva profesora de Defensa Contra las Artes Oscuras, Dolores Umbridge, está empeñada en no enseñar a los alumnos hechizos defensivos, lo cual hace más vulnerable a Potter ante un posible ataque de Voldemort. Así las cosas, Harry y sus inseparables Ron y Hermione deciden aprender por su cuenta los hechizos necesarios. Crean el Ejercito de Dumbledore (ED), en el que integran a los mejores alumnos de Hogwarts. Con Harry como profesor y con Hermione como portadora de un libro de hechizos, los componentes del ED mejoran sus habilidades.

Deberás reunir el ED, pero sin descuidar tus deberes y los encargos de los cuadros parlantes. Es decir, aparte de la trama principal, tendrás siempre la opción de realizar muchos minijuegos a lo largo de un Hogwarts que podrás recorrer con total libertad.