Robotnik ha sido derrotado una vez más por Super Sonic, pero cuando se ve aprisionado tiende una trampa al erizo que termina rompiendo el planeta en varios pedazos y liberando una fuerza antigua. Estos acontecimientos afectan a Sonic de forma física, convirtiéndolo en una bestia feroz y temible, pero también más lenta.
En esta nueva aventura Sonic debe restablecer el planeta y liberarse de ese ser que sólo aparece por las noches, el Werehog.