La historia comienza un poco antes del final de F.E.A.R., un comando de fuerzas especiales que se encuentran en una misión de rutina cuando la ciudad de Auburn se ve golpeada por una explosión sobrenatural. Alma, una niña con un inmenso poder y sed de venganza ha desatado su ira sobre la ciudad y la ha sumido en el caos. El escuadrón debe combatir las fuerzas enemigas y sobrenaturales en su lucha por detener a Alma y descubrir las misteriosas fuerzas que se han aliado contra ellos antes de que sea demasiado tarde.