Estamos en Tokio, en el año 2015, y un peligroso virus se está apoderando de los cuerpos y mentes de los inocentes ciudadanos. El virus, más parecido a un cúmulo de gusanos furiosos, transforma la genética de las personas receptoras convirtiéndolas en grotescos seres monstruosos de cualquier tamaño (aviso, los hay muy grandes). Ante esta situación el gobierno decide requerir los servicios de una sociedad ninja secreta liderada por Kanbé Ogawa, padre del personaje principal del videojuego, a quien controlaremos, llamado Ken Ogawa.

Ante esta situación, el equipo de elite ninja se dirige en aeronaves especiales a la ciudad de Tokio para así evitar el avance de dicho virus, abriéndose paso entre los edificios o calles y exterminando a cuantos monstruos encuentren a su paso.